Plokščių miestelio įkūrimo data laikomi 1670 metai, kai buvo pastatyta pirmoji bažnyčia ir įkurta parapija. Labai tikėtina, kad susikūrus parapijai, prie bažnyčios pradėjo veikti ir mokykla, bet istoriniuose šaltiniuose tokių žinių nerasta.

Mokyklos 80-ies metų jubiliejus minėtas 1959 metais. Laikyta, kad mokykla įkurta tik 1879 metais, nes 1933 metais pradėtoje rašyti mokyklos kronikoje buvo nurodyta ši data.

 

 

Tačiau pirmosios žinios apie mokyklą yra Lenkijoje saugomuose archyvų dokumentuose. Plokščių (Blagoslavenstvo) mokyklos įkūrimo data nurodyti 1819 metai. Mokykla parapinė, įkurta špitolėje. Joje 18 mokinių, o parapijoje 4590 gyventojų.

1820 metų rugpjūčio 26 dienos Seinų kurijos akte rašoma: „Pagal valdžios įsakymą mokyklos gerai organizuotos Naumiestyje, Sintautuose ir Plokščiuose“. 

1822 metais mokykla jau valdinė, naujai pastatyta, joje dirba samdomas mokytojas. Negalima nieko tikslaus pasakyti apie mokyklos darbą iki 1870 metų, bet nuo 1879 metų mokykla Plokščiuose veikė nuolat.

Pirmas žinomas mokyklos pastatas buvo prie Patiltės upelio, netoli teismo pastato, kuriame XIX amžiaus pabaigoje gyveno žymus to meto tautinio atgimimo veikėjas Petras Kriaučiūnas. Būtent čia, Plokščiuose, tais sunkiais spaudos ir rašto draudimo laikais kūrėsi šviesos ir patriotizmo salelė, vėliau gavusi „Litvomanų Mekos“ vardą. Čia pilietiškumo ir meilės savo kraštui sėmėsi ne tik Vincas Kudirka, bet ir kiti mūsų krašto bei užsienio šalių šviesuoliai.

Mokykla po Pirmojo pasaulinio karo persikėlė į naują tipinį pradinės mokyklos pastatą netoli kapinių. 1987 metais šis pastatas buvo perkeltas į Lietuvos liaudies buities muziejų Rumšiškėse.

1937 metais Plokščiuose dirbo dviejų komplektų pradinė mokykla, o jau kitais metais pradėjo veikti trečias pradinės mokyklos komplektas.

1947 metais Plokščiuose veikusi pradinė mokykla reorganizuota į septynmetę (progimnaziją). Mokykla dirbo trijuose pastatuose.

1957 metais įkurta vidurinė mokykla, kurioje išleistos tik dvi abiturientų laidos. Sumažėjus mokinių skaičiui, 1960 metais mokykla vėl liko aštuonmetė.

Buvo rekonstruojami ir plečiami miestelio mokyklos pastatai. 1962 metais, baigus rekonstrukcijas, mokyklos pastatas prie kapinių liko tik mokytojų butu.

1966 metais Plokščių aštuonmetėje mokykloje vėl atidaryta devintas klasė – mokykla tapo vidurine ir 1969 metais buvo išleista trečioji abiturientų laida.

1969 metų vasario 28 dieną gaisras visiškai sunaikino mokyklos pastatą. Bet mokyklos veikla nenutrūko – pamokos vyko septyniuose privačiuose miestelio namuose. 1970 metais (per devynis mėnesius) sudegusios mokyklos pastatas beveik atstatytas. Tuo pačiu metu ant kalno pradėta statyti dabartinė mokykla ir 1972 metų kovo 3 dieną atšvęstos įkurtuvės.

1996 metais švenčiant vidurinės mokyklos 30-ies metų jubiliejų pradėtas sodinti abiturientų ąžuolynas – tada buvo pasodinta 30 ąžuoliukų. Vėliau ąžuoliuko sodinimas tapo paskutinio skambučio šventės tradicija. 1999 metais paminėtas mokyklos 180-ies metų jubiliejus, 2009 metais – 190-ies metų jubiliejus.

2013 metais mokykla išleido paskutinę XLVII  abiturientų laidą.

2011-2013 metais buvo įgyvendinamas ES struktūrinių fondų ir Šakių rajono savivaldybės lėšomis finansuotas projektas „Plokščių daugiafunkcio centro steigimas. Nuo 2013 metų rugsėjo pirmosios mokykla reorganizuota į Plokščių mokyklą daugiafunkcį centrą. Šiuo metu po vienu stogu dirba vaikų darželis, pagrindinė mokykla, vaikų dienos centras, viešoji biblioteka, organizuojama bendruomenės kultūrinė, socialinė ir sportinė veikla – veikia įvairūs klubai, saviveikliniai kolektyvai, organizuojami bendruomeniniai susitikimai.